Lactococcus lactis

Công cụ học mô hình động học chuyển hóa · Murabito 2014

Đói – phục hồi

Bật điều hòa (feedforward FBP)

Mốc thời gian (phút) Bắt đầu đói Cấp lại glucose Kết thúc

Glucose ngoài (mM) Bình thường / phục hồi Khi đói

Chất hiển thị

Trục nồng độ thang log

Lấy mẫu Monte-Carlo

Lấy ngẫu nhiên nhiều bộ tham số động học: đếm bao nhiêu bộ ổn định, và trong số đó bao nhiêu bộ phục hồi được sau đói.

Tham số Số mẫu ổn định (N) Số bộ phục hồi (k) Seed

k = số bộ chạy mô phỏng phục hồi/median mỗi cấu hình. Mỗi bộ ~1.5s × 2 cấu hình: k=12 ≈ 18s, k=20 ≈ 28s. Trần 20 để tránh timeout. N (kiểm ổn định) nhanh, nhập tới 2000 thoải mái.

Bản web giới hạn để chạy nhanh. Chạy đầy đủ hàng nghìn bộ bằng main.py.

Có điều hòa · kỳ vọng kiểu Figure 11

Không điều hòa · kỳ vọng kiểu Figure S8